原生生物是生物五界（植物界、真菌界、动物界、原生生物界和原核生物界）之一，主要是由单细胞真核生物组成的一大类群，包括单细胞真核藻类和原生动物等，已描述的物种数超过6万种，未知种类难以估量。
据介绍，原生生物分布极为广泛，只要有水的地方，就有原生生物存在。原生生物是水生态系统重要组分，其中的藻类贡献了地球上近50%的光合行为，也是水产动物和人类的优良饵料和营养品，另外，部分甲藻和硅藻疯长会造成河流和海洋有毒藻华，带来严重环境问题。同时，很多原生生物是人、畜禽和水产动物的重要致病性寄生虫，如造成人疟疾的疟原虫、昏睡病的锥虫、鸡球虫病的球虫，造成鱼白点病的小瓜虫等。
目前，在基础生物学研究方面，一些原生生物作为模式生物作出了重要贡献。例如在嗜热四膜虫中发现的核酶以及端粒和端粒酶分别获得了1989年和2009年诺贝尔奖。然而，已公开发表了基因组数据的原生生物仅400余种。
据悉，该计划由中科院水生所联合西藏大学、河南农业大学、中国农科院兰州兽医研究所、中科院北京基因组研究所和华中科技大学等单位共同发起。中科院水生生物研究所副所长殷站介绍，万种原生生物基因组计划是国际上首次针对原生生物界大规模基因组测序计划。该计划将依托各发起单位保藏的3000多种真核藻类和原生动物种质资源，通过持续的样品采集和宏基因组数据挖掘，在未来3年完成约一万种原生生物的基因组测序和分析，将包括原生生物全部26个门/类，覆盖超过85%的纲、60%的目和30%的科属。
开展万种原生生物基因组计划，有助于理解生物多样性形成机制、多细胞生物/有性生殖的起源与演化等重大基础生命科学问题，促进国家科技资源共享服务平台信息互联互通，推动与生态环境保护、营养健康和疾病防治相关原生生物种质传资源的挖掘与应用实践。
值得注意的是，该计划将以开放联盟模式运行，国内外有兴趣的研究团队均可加入。
