程文旦是二级研究员，博士生导师，退休后被返聘为研究人员。多年来，他一直致力于光电功能材料的光物理模拟和非线性光学参数计算方法的发展、光学极性材料合理制备和结构调控等方面的研究，取得了众多科研成果。
在科研探索的过程中，程文旦教授带领课题组，先后在倍频晶体材料的计算设计、合理制备和计算材料科学等领域取得了系统性和创新性的研究成果。他们以非心对称基元作为极性材料基因，探索非心对称材料基因发育过程和生长机理，在合理制备二阶非线性光学晶体材料和探索构效关系的微观机制研究方面取得系列进展，特别是近年来在中远红外和太赫磁波段的非线性光学材料研制方面取得重要进展，创造性地提出评价太赫磁波转换效率的广义优质因子；在光物理性能计算方法发展、软件编制和计算材料学等研究方面，也取得了系统性和创新性的结果，基于态叠加原理，课题组发展出计算分子线性和非线性极化率、具有自主知识产权的BGP（Beta Gamma Polarizability）软件程序，利用Delta函数性质，提出计算不同光学过程的二阶、三阶固体光磁化率的新方法，并部分实现了计算方法的软件程序化。
自参加工作以来，程文旦教授笔耕不辍，先后发表SCI论文210余篇，获得13项发明专利，2016年和2017参加国际先进材料会议的研究论文获得国际先进材料协会IAAA奖。多年来，他还先后被聘为美国化学会、物理学会，英国化学会等其他学会主要研究期刊的审稿人，2015年受到美国化学会期刊出版社嘉奖（ACS Publications Awards）。他所取得的科研成果也得到了社会各界的认可，作为项目完成人之一，1991年荣获中科院自然科学奖一等奖一项、1993年获得国家自然科学奖二等奖一项，1994年起享受国务院政府特殊津贴，1998年评为中国科学院有突出贡献的中青年专家，2006年评为中国科学院研究生院优秀研究生导师，2010年评为中国科学院朱李月华优秀教师奖。2016年被美国新闻集团（USA NEWS CORP）誉为材料科学传奇人物（Prof. Wendan Cheng，The legend in Materials Science），并接受2016年度世界500位最具影响力全球人物的邀请访问。
做好科研工作的同时，程文旦在担任中国科学院福建物质结构研究所党委书记期间，为职工政治思想、人才队伍建设等均做出了卓有成效的工作，多次被福建省直机关工会授予热心支持工会工作的党政领导，为福建物构所改革、发展、稳定做出积极和重要贡献。2009年7月，他获得中共中国科学院党组颁发的荣誉证书。程文旦在2002～2009年担任所级领导期间，为中国科技事业，为院、所改革和发展做出了重要贡献。
淡泊名利，宁静致远。如今，已经退休的程文旦教授仍坚守在科研第一线，为祖国的科研事业贡献着自己的力量，用坦荡的胸怀展现着对国家的热爱，对责任的担当。
