马祖光1928年出生在北京，后在山东大学求学。1950年，马祖光响应祖国号召，到哈尔滨工业大学研究生班学习，同时担任物理教师。
20世纪80年代初，在国外做访问学者期间，马祖光成功发现了“钠双原子分子第一三重态跃迁”新光谱。这是国际上首次观察到这一谱区的荧光辐射。
然而，当时的外国专家认为，马祖光的成果是使用国外的实验设备取得的，在论文中把马祖光的名字写在了第三位。马祖光据理力争，最终，这项发现被认定只属于他一个人。
“我争的是国家的声誉、国人的尊严。这是中国人做出来的，荣誉应该属于中国。”马祖光说。
马祖光科研、治学极为严谨。受托主编一本激光统编教材时，面对25万字的书稿，他对每一页、每一行，甚至每个标点符号都认真推敲，几易其稿。大家都认为可以付印的时候，他建议再检查一遍：“严谨是做学问最起码的态度！”
从教数十年，根据国家发展需要，马祖光不断调整研究方向，先后提出激光介质光谱、新型可调谐激光、X光激光、非线性光学技术、红外激光技术和激光空间信息技术等多个颇具创新性的世界前沿科研方向。
在国际上首先实现激光振荡10项，发现新荧光谱区17个，首先观察到非线性光学过程7种，首先观察到了13个新谱区……马祖光承担了一批激光工程应用亟待解决的重大课题，取得了一批处于国际前沿水平或国内开创性的科研成果，多次获得国家自然科学奖、国家专利以及省部级科技进步奖。
1999年，学校推荐他参评院士，他却要求把申报材料退回来。2003年，就在他去世前一个月，他还应邀为学生进行题为《做人与做事》的讲座……
“一个共产党员对党、对祖国的爱是很具体的，具体在每一天怎样去做人、做事和对待工作上”“人家的条件再好，都不如把自己的国家建设好”……这是马祖光生前朴实的话语，是他留给世间的精神财富。
