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基于DEA的生物信息大数据模糊评判方法研究

来源:《中国高新科技》杂志 时间:2018-03-07

1 引言

生物信息学是一门新兴学科。随着人类基因计划的开展,尤其是测序技术的发展,基因组学每天都要产生数以“T”计的海量数据。GenBank数据库是美国国家生物技术信息中心的DNA序列总数据库。截至2017年,仅记录在GenBank中的DNA序列总量就已超过了70亿个碱基对。毫无疑问,生物大数据的积累会愈发增多。GEOGeneExpression Omnibus)是美国国家生物技术信息中心(NationalCenter for Biotechnology InformationNCBI)下的基因表达数据库,GEO中已存储了3848个数据集,包括1618438个样本的基因表达、基因芯片、蛋白质结构信息等数据。而在这些数据的基础上派生、整理出来的数据库已超过500个。图1统计了GEO中从2000年到2015年存储样本数据的变化情况。


显然,这些数据必须经过整理、分析才能给人们带来收益。对于海量数据,分析手段主要是整合、评价和挖掘。本文将基于模糊综合评判和数据包络分析,提出一种针对生物信息大数据的数据分析方法。

2 理论模型和方法

2.1 模糊评判

模糊综合评判是决策论中最常用的一种方法。在实际中,常常需要对一个事物做出评价,而评价往往涉及多个因素或多个指标,此时就要求根据这些因素对事物做出综合评价。这些因素并不都是确定性的,具有随意性和模糊性。模糊综合评判是以模糊数学为理论基础发展而来的一种方法。

2.2 数据包络分析

DEA中一般称被衡量绩效的组织为决策单元(decisionmaking unitDMU)。假设各决策单元的输入数据和输出数据由图2给出。

 

 

 



这就是某蛋白质在四个因素的评价结果。该蛋白质在两个受体上的活性和水溶性表现较好,但是纯度和形状这两个因素导致贡献度较差。因此,可以从提高纯度和改变形状这两方面着手,研发下一代蛋白质合成技术。

4 结论

本文基于DEA理论的模糊综合评判方法,提出了基于DEA模型的生物信息大数据模糊综合评判方法。以某蛋白质对提高人体免疫力贡献度的评价为例进行了算例验证,算例表明该方法克服了模糊综合评判方法的缺点,更具客观性,计算效率高。

 

参考文献

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(盖州市第一高级中学)

 

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